原子制造研究院是设在苏州校区的新型科研实体，研究院以学科交叉、产研融合、需求牵引、机制创新为特色，以满足国家重大需求、研发原子（级）制造国家战略技术为核心目标。基于单原子、原子团簇、原子层和原子级组装开展前沿研究，开发一批颠覆性、战略性兼具的产品和装备，筹建“原子制造”学科方向和原子极限微制造重大科技基础设施，力争在国内外率先研发原子（级）制造终极技术，引领国际科技前沿、服务国家和地方经济发展。